Cùng với việc cung cấp tính năng hoàn toàn mới kể trên, Facebook cũng đưa ra những lời lý giải cho phương thức hoạt động của tính năng đặc biệt này. Theo đó, các tin nhắn mà người dùng gửi đi trong chế độ này sẽ được mã hoá 2 chiều End-to-End Encryption. Cụ thể hơn, việc mã hoá sẽ được thực hiện ngay trên thiết bị của người gửi. Việc giải mã cũng được tiến hành ngay trên thiết bị của người nhận.
Tính năng này sẽ được biết đến với tên gọi Cuộc trò chuyện bí mật hay Secret Conversation. Các tin nhắn trong chế độ nhắn tin này sẽ được tự huỷ khi người nhận đọc được. Thời gian kích hoạt chế độ tự huỷ có thể cài đặt với các mốc từ 5 giây, 10 giây, 5 phút hoặc cả ngày.
Để có thể kích hoạt tính năng này, người dùng chỉ cần vào cửa sổ tin nhắn trong Facebook Messenger. Sau đó, chọn đến phần Chi tiết rồi nhấn vào mục Cuộc trò chuyện bí mật (ký hiệu hình ổ khoá).
