Zenfone 2 tuy là mẫu sản phẩm chủ lực tiền nhiệm, thế nhưng, ASUS khá lơ là trong việc hỗ trợ cập nhật phần mềm cho sản phẩm này. Bằng chứng là mãi cho đến thời điểm hiện tại, ZenFone 2 mới chính thức được ASUS cung cấp bản cập nhật Android 6.0 Marshmallow. Bản cập nhật đến rất trễ so với dự kiến ban đầu vào quý II/2016. Đó là chưa kể đến, những người anh em ZenFone Zoom, ZenFone Selfie hay ZenFone 2 Laser đều đã có cho mình bản cập nhật từ nhiều tháng trước.
Cụ thể hơn, ASUS đã chính thức phát hành bản cập nhật cho chiếc ZenFone 2 phiên bản 5,5 inch (ZE551ML). Bản cập nhật mang đến một số tính năng mới như chế độ tiết kiệm pin Doze, Now on Tap, .. đồng thời loại bỏ nhiều ứng dụng trên máy và thay thế bằng một số ứng dụng khác của Google.
