Sau thời gian lẩn trốn tại các lán trại bỏ hoang trong khu vực rừng giáp biên giới, Phương Văn Kỳ đã bị lực lượng Công an tỉnh Lạng Sơn bắt giữ. Khi bị bắt, người này mang theo một khẩu súng quân dụng cùng 12 viên đạn AK, trong đó có một viên đã lên nòng.