Nhiều trường tại Nghệ An phản ánh họ đã tổ chức ăn bán trú cho học sinh nhưng không nhận được đồng kinh phí nào từ dự án Nuôi em Nghệ An. Danh sách hỗ trợ thay đổi liên tục, mức ăn điều chỉnh thất thường, trong khi nghi vấn về tính minh bạch của dự án đang gây bức xúc.