Cũng giống như hai mẫu iPhone cao cấp nhất, Apple đã không đề cập đế khả năng chống nước trên iPhone SE. Tuy nhiên, khả năng này đã được phát hiện trong quá trình mổ xẻ mẫu iPhone 4 inches của iFixit.
Các chuyên gia đã phát hiện bên trong máy được trang bị thêm những lớp silicon dạng bọt bao phủ một số bộ phận trong máy như hai cảm biến camera, các phím cứng cũng như phía dưới màn hình. Đây là những nơi dễ lọt nước nhất trên điện thoại và tác dụng của lớp silicon này có thể kháng nước ở mức độ thông thường. Tất nhiên các vị trí khác không được trang bị lớp silicon này. Bởi vậy, Apple đã không công bố một khả năng chịu nước theo tiêu chuẩn sẵn có.
iPhone SE có thể kháng nước ở những trường hợp bất khả kháng như dưới trời mưa hay vô tình rơi xuống nước và người dung nhanh chóng nhặt chúng lên, lau sạch. Người dùng không nên cố gắng sử dụng dưới nước hay thử nghiệm đổ một số chất lỏng lên iPhone SE như iPhone S7 hay các sản phẩm thuộc dòng Xperia của Sony.
